実際に私もBeckeyでフォルダ分けして利用しています。
方法は、こちらのサイトがわかり易いと思います。
[link]iPhone 3G用Eメール(i)をパソコンのメールソフトで送受信する方法
iphoneメール設定自体良く分からない方はこちらのwikiサイトが参考になるかと。
[link]iphoneメール設定wiki
でもメーラーの設定も面倒だとか、良く分からないって方もいらっしゃると思いますので、iPhoneのサファリのみで@i.softbank.jpメールのフォルダ分けを行う方法をUPしておきます。
といっても、softbankが用意しているPDFをまとめただけですが、PDFを見られない環境の方もいると思いますので、画像付きで貼っておきます。
・Eメール(@i.softbank.jp)のフォルダ管理機能の利用方法
まずは、iPhoneからSafariのMy Softバンクを開きフォルダ管理メニューへ入ります。

「Eメール(i)」フォルダ管理メニューはこんな感じになっています。

必要に応じて1〜3を繰り返します。
1.新規フォルダ作成

2.フォルダ名変更

3.フォルダ削除(必要に応じて)

1〜3作業が完了したら、メールを起動て画面左下のボタンをタップして、「同期」を行うと変更内容が反映されます。
ちなみに、フォルダ名には半角スペース、全角スペース、半角スラッシュ、半角イコール、は使用不可です。
またフォルダ名は、全角半角を問わず最大10文字までです。
フォルダ数は、すべてのフォルダを含めて99個が上限です。まあそんなに作らないとは思いますがw
※フォルダを削除すると、そのフォルダ内にあるメールも削除されますので注意
あとは、メールフォルダに自動振り分け機能が欲しいですね〜。
ちなみに私は、PCメーラー(Becky!)で受信した後に定期的に振り分け機能を利用して振り分けをしています。
※関係ないですが、個人的に楽しみにしてたiPhoneアプリ版リッジレーサー「RIDGE RACER ACCELERATED」

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